Der Kleine Seeberg liegt südlich von Gotha und ist Teil des 1999 ausgewiesenen Naturschutzgebietes Seeberg. Zu den wertvollsten Biotopstrukturen gehören die kontinentalen Halbtrockenrasen an den Gipssteinbrüchen im Süden des Gebietes. Mit aktuell 103 besonders wertgebenden Pflanzenarten, 122 bedrohten Vogelarten, von denen 72 Arten hier brüten und zahlreichen Insektenarten gehört der Seeberg zu den artenreichsten Gebieten im Landkreis Gotha.
Der zunehmenden Verbuschung der Offenlandflächen wird durch Mahd und seit wenigen Jahren erfreulicherweise auch durch Schafbeweidung entgegengewirkt. Gebietsuntypische Anpflanzungen der letzten Jahrzehnte sollen schrittweise entfernt werden. Die stets neu auftretenden Abbruchflächen der Muschelkalksteinhänge am Kleinen Seeberg sind essentiell für das Auftreten des Gelben Hornmohns (Glaucium flavum) – ein Neophyt aus dem Mittelmeerraum, der typischerweise an Küstenlandschaften, aber auch an steinigen Binnenlandstandorten vorkommt. Der Fransen-Enzian profitiert in besonderem Maße von der Schafbeweidung, da die Tiere die bitter schmeckenden Pflanzen meiden. Aber auch Orchideen wie das Helmknabenkraut gehören zu den besonderen Attraktionen am Kleinen Seeberg.